Różnicowanie między ostrymi biegunkami o etiologii infekcyjnej i nieinfekcyjnej w praktyce ambulatoryjnej i klinicznej niejednokrotnie natrafia na trudności. Do najczęstszych takich sytuacji należy: Mylna ocena tzw. fizjologicznej niestrawności u noworodków, jako biegunki infekcyjnej. Zastosowane leczenie przeciwbakteryjne (np. ampicyliną) pogłębić może objawy niestrawności, a nawet doprowadzić do superinfekcji szczepami chorobotwórczymi (p. niżej, zakażenia pałeczką Klebsiella). Duże trudności rozpoznawcze mogą przedstawiać biegunki związane z alergią na białka mleka krowiego. Z reguły mamy tutaj ostre objawy biegunkowe, zdarzają się nawet przypadki o obrazie klinicznym zbliżonym do zespołu toksycznego w toku biegunki infekcyjnej. Wystąpić może również podniesiona temperatura ciała i obecność śluzu, a nawet świeżej krwi w kale. Obraz ten może być początkowo tak sugestywny, że prawie z reguły początkowa ocena brzmi: ostra biegunka infekcyjna”. Dopiero brak skuteczności podjętego leczenia, niewykazanie bakterii chorobotwórczych w kale i wyraźny związek objawów chorobowych ze sposobem karmienia naprowadzają na właściwe rozpoznanie. Również w toku wrodzonej biegunki chlorowej z alkalozą przebieg choroby może być ostry, z gwałtownymi wypróżnieniami i okresowo zaznaczającymi się cechami odwodnienia. Wybitnie pomocne jest tu badanie równowagi kwasowo-zasadowej. Wysokie pH krwi i wysoka rezerwa alkaliczna są typowe dla biegunki chlorowej